Su nacimiento se concreta en enero de 1989 con la llamada refundación del Partido Popular, heredero de Alianza Popular, y se convierte en aglutinador de las distintas sensibilidades del centro derecha constitucionalista y foral del País Vasco.
La refundación del Partido Popular supuso que las culturas políticas en el País Vasco de la propia Alianza Popular, la UCD, el Partido Demócrata Popular, Unión Liberal o el CDS, convergiesen a través de la integración en sus filas de destacadas figuras políticas protagonistas de la transición y del nuevo Estatuto de Autonomía de Gernika de 1979.
Hasta ese momento la defensa del modelo constitucional del 78, de la realidad foral y de las claves liberales de funcionamiento de una sociedad vasca y española moderna hizo que muchos militantes y cargos de esos partidos, que confluyeron en el Partido Popular del País Vasco, sufrieran la violencia de ETA y de organizaciones terroristas afines.
A partir de esa nueva andadura emergieron nuevas figuras políticas en sus filas que plantaron cara a la intolerancia y al fanatismo que representaba ETA y el asesinato de Gregorio Ordoñez, Presidente del Partido Popular de Guipúzcoa, ocurrido el 23 de enero de 1995 en San Sebastián, fue el inicio de una nueva larga lista de víctimas del terror nacionalista.
Los golpes de la violencia hicieron que el Partido Popular del País Vasco asumiese un compromiso esencial con la defensa de la libertad y de los valores constitucionales y, a pesar de las dificultades, se fueron completando las listas populares de las distintas convocatorias electorales llegando en 1999 a obtener, tras las elecciones municipales y forales, la alcaldía de Vitoria-Gasteiz y la Diputación General de Álava con Alfonso Alonso y Ramón Rabanera al frente de estas instituciones. Además otras alcaldías fueron regidas por populares y el incremento de la presencia en otros ayuntamientos vascos se incrementó notablemente.
También tras las elecciones municipales y forales de 2011 Javier Maroto y Javier de Andrés presidieron el Ayuntamiento de Vitoria y la Diputación Foral de Álava respectivamente.
El Partido Popular del País Vasco ha sabido ir tejiendo una estructura sólida en ciudades y pueblos y a ello también han contribuido las Nuevas Generaciones, constituidas a la vez el resto de la organización y con una importante presencia en los foros políticos juveniles. Los jóvenes del Partido Popular vasco han sido protagonistas de las páginas más importantes de nuestra historia como haber fortalecido el Espíritu de Ermua o mantener, en duras condiciones, la presencia en difíciles ayuntamientos del País Vasco.
A día de hoy nuestra organización sigue siendo elemento clave en la defensa de la realidad foral vasca. Los acuerdos alcanzados, históricamente y recientemente, en relación con la defensa del Concierto Económico y el Cupo, el compromiso con la estabilidad presupuestaria del País o los acuerdos en relación con la reforma fiscal suponen un sentido de responsabilidad y utilidad política que el Partido Popular Vasco ha asumido en favor de la legalidad y la normalidad institucional.
